결론부터 말하면, 의료비 세액공제는 “내가 실제로 부담한 의료비만” 가능합니다. 그래서 병원비를 냈더라도 실손보험금(실비)으로 돌려받은 금액은 의료비 공제 대상에서 반드시 빼야(차감) 합니다. 이 글은 차감 규칙 → 조회 방법 → 계산 예시 → 자주 실수 TOP 순서로 끝까지 정리해 드려요.

연말정산 시즌에 의료비 공제가 “가장 많이 헷갈리는 이유”가 바로 실손보험(실비)입니다. 간소화에 의료비가 뜬다고 해서 그대로 넣으면, 실손보험금을 차감하지 않아 과다공제가 될 수 있어요.
1) 핵심 규칙: 실손보험금 받은 금액은 의료비에서 ‘차감’ 해야 합니다
✅ 의료비 세액공제 대상 = 근로자가 직접 부담한 의료비
✅ 따라서 실손의료보험금으로 지급받은 금액은 의료비 세액공제 대상에서 제외됩니다.
내가 병원비 100만원 결제 → 보험사에서 60만 원 돌려줌 → 실제 내 부담은 40만 원.
연말정산 의료비 공제는 100만 원이 아니라 40만 원으로 계산합니다.

2) 실손보험금(실비) 조회 방법: 홈택스에서 “수령내역” 먼저 확인하세요
- 의료비 공제 시 공제대상 의료비에서 실손보험금 수령액을 차감해야 합니다.
- 보험회사가 제출한 실손보험금 지급내역을 (통상 1월 15일 이후) 조회할 수 있습니다.
- 부양가족(부모님/미성년자 등) 수익자 보험금은 ‘자료제공동의’가 없으면 조회되지 않을 수 있습니다.
- 연말정산 간소화에서 의료비 총액 확인
- 홈택스(또는 손택스)에서 실손의료보험금 수령내역 조회
- 의료비 총액 - 실손보험금 수령액 = 공제 대상 의료비(1차)
- 총급여의 3% 초과분만 세액공제 계산
3) 계산식(초간단): ‘차감 → 3% 문턱 → 공제율’ 순서

공제대상 의료비(차감 후) = 의료비 지출액 - 실손보험금 수령액
의료비 세액공제 대상 = (차감 후 의료비) - (총 급여 × 3%)
※ 3%를 못 넘으면 의료비 공제 자체가 0원일 수 있어요.
- 일반 의료비: 15%
- 미숙아·선천성이상아: 20%
- 난임시술비: 30%
(한도/공제율은 국세청 안내 기준. 일반 의료비는 기본공제대상자 의료비 연 700만 원 한도 등 케이스별로 다를 수 있어요.)
4) 예시로 한 번에 이해(실손보험금 차감 전/후)
총 급여 5,000만 원 → 3% 문턱 =150만 원
연간 의료비 지출 400만 원, 실손보험금 수령 180만 원
- 차감 후 의료비 = 400 - 180 = 220만원
- 세액공제 대상(3% 초과분) = 220 - 150 = 70만원
- 공제액(일반 15% 가정) = 70 × 15% = 10만 5천원
포인트: 실손보험금 차감이 크면, 3% 문턱을 못 넘어서 의료비 공제가 0원이 될 수도 있어요.

5) 실수 TOP 6(과다공제 방지 체크리스트)
- 간소화 의료비를 보고 실손보험금 차감 없이 그대로 입력
- 부양가족(부모님/자녀) 실손보험금이 ‘제공동의’ 미완료로 조회 누락 → 차감 누락
- 보험금이 조회에 안 뜬다고 0원으로 간주(정정 필요 시 보험사 확인)
- 카드 결제 의료비는 잡혔는데, 환급(보험금)을 따로 받았다는 사실을 잊음
- 여러 보험사에서 받은 실손보험금을 합산 차감해야 하는데 일부만 차감
- “진료 연도”와 “보험금 입금 연도”가 달라서 처리가 애매한데, 그냥 넘어감(나중에 정정 이슈 가능)
6) FAQ: 사람들이 가장 많이 묻는 질문 5개
아니요. 원칙은 실손보험금 ‘받은 만큼만’ 차감입니다. 차감 후에도 내가 실제 부담한 의료비가 남고, 그 금액이 총 급여 3%를 초과하면 공제가 됩니다.
홈택스는 보험회사가 국세청에 제출한 자료만 조회됩니다. 또 부양가족이 수익자인 경우 자료제공동의가 없으면 조회가 제한될 수 있어요. 그래도 안 뜨면 해당 보험사에 정정/확인이 필요합니다.
의료비 공제는 실제 내가 부담한 의료비가 기준이므로, 차감 후 공제대상 의료비가 0원이 될 수 있습니다(음수로 공제되지는 않아요).
차감 누락은 과다공제로 볼 수 있어, 나중에 정정 시 추징이 발생할 수 있습니다. (가장 안전한 방법은 처음부터 정확히 차감하는 것입니다.)
일반 의료비는 보통 15% 이지만, 난임(30%), 미숙아·선천성이상아(20%)처럼 별도 공제율이 있는 항목도 있습니다.

한 줄 요약: 의료비 공제는 “실손보험금 받은 만큼 반드시 차감”이 원칙입니다. 홈택스에서 실손보험금 수령내역을 확인하고, 과다공제 없이 안전하게 정산하세요.
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